审计处下设两个科：财务与经济责任审计科和工程审计科。

财务审计科主要业务：财务收支审计、经济责任审计、科研基金项目审签、专项审计调查及参与大宗物资设备采购招标等。

工程审计科主要业务：建设工程项目结算审计、项目立项经费预算审核、参与建设工程项目前期施工单位的考察、招标及后期工程竣工验收等。